Фондацията се управлява от управителен съвет (УС). УС назначава изпълнителен директор на организацията. Председателят на УС и изпълнителният директор представляват организацията заедно и поотделно.
Управителен съвет:
Илиян Кършев, адвокат, председател на Управителния съвет;
д-р Събина Събева, лекар
Миглена Балджиева, адвокат
Методка Петрова, психолог
Ролф Видмер, социален педагог, почетен председател на Управителния съвет от 2012 година, директор на МСС-Швейцария до 2015 година, съосновател и член на Управителния съвет на МСС-България от 2002 до 2012 година.
Изпълнителен директор: Георги Григоров
Настоятелство:
Надя Станчева, преводач
Венцеслав Събев, международен бизнес консултант
Секции:
В МСС-България има обособени три секции:
Секция „Разработване и управление на социални услуги”, ръководител Методка Петрова, психолог;
Секция „Работа по случаи с международен елемент”, ръководител Миглена Балджиева, адвокат;
Секция „Административно-финансово управление”, ръководител Петя Димитрова, гл.счетоводител